1999

• 11. 19
  교육부로부터 신학대학원에 입학정원 30명을 증원받다.
  교육부로부터 교육대학원에 입학정원 45명을 증원받다.
  교육부로부터 선교대학원에 입학정원 10명을 증원받다.
• 10. 25
  한국교육개발원에서 교육대학원 평가를 실시하다.
• 08. 27
  학교법인대한예수교장로회 총회신학원 제12대 이사장에 김윤배목사가 취임하다.
• 08. 23
  김정우 박사가 대학원 원장에 취임하다.
• 05. 06
  박아론 신대원부총장이 총신대학교 총장직무대행에 취임하다.
• 04. 01
  김의원 박사가 총신대학교 총장서리에 취임하다.
• 02. 13
  한국대학교육협의회의 대학종합평가에서 본 대학이 신학계대학 중 최우수대학으로 평가 인증받다.
• 01. 14
  교육부로부터 총신대학교 부설 사회교육원 설치 신고를 수리받다.

1998

• 12. 05
  김미경 박사가 교육대학원, 상담대학원, 사회복지대학원장에 취임하다.
• 11. 28
  한춘기 박사가 대학 부총장에 취임하다.
• 11. 21
  김삼봉 목사가 총장직무대행에 취임하다.
  김영우 목사가 재단이사장직무대행에 취임하다.
• 10. 23
  사당캠퍼스 3층에 총신역사갤러리를 오픈하다.
• 06. 26
  교육과학기술부로부터 종교지도자 양성만을 목적으로 하는 대학 및 대학원 설치·경영 학교법인으로 지정되다.
• 06. 05
  양지캠퍼스 도서관 건물 1층을 문소기념박물관 추가 시설로 리모델링(176평)하고 감사예배를 드리다.
• 05. 01
  양지캠퍼스 도서관을 리모델링(1,631평)하고 감사예배를 드리다.
• 03. 10
  WRF(세계개혁주의협의회)를 본교가 진행을 주관하여 개최하다.

1997

• 10. 25
  교육부로부터 신학대학원에 입학정원 108명을 증원받다.
• 09. 01
  홍치모 교수가 교육대학원 원장에 취임하다.
  김인환 교수가 부총장에 취임하다.
• 03. 01
  홍덕창 박사가 부총장에 취임하다.
  유준기 박사가 대학원 원장(교육대학원장 겸임)에 취임하다.
  김의환 박사가 선교대학원 원장으로 취임하다.

1996

• 11. 02
  교육부로부터 대학원의 정원이 총정원제에서 입학정원제로 변경되면서, 대학원에 입학정원 석사 55명 박사7명 및 유아교육과 신설과 신학대학원에 215명으로 입학정원을 받다.
  교육부로부터 선교대학원 설치인가(선교학과 입학정원 65명)를 받다.
• 10. 30
  교육부로부터 대학원의 정원관리가 총정원제에서 입학정원제로 바뀌면서 교육대학원의 입학정원이 32명으로 인가를 받다.
• 10. 01
  박아론 박사가 신학대학원 원장에 취임하다.
• 09. 24
  양지캠퍼스에 제2생활관(지하 1층, 지상 3층, 연건평 680평)준공예배를 드리다.
• 07. 01
  대학부설 평생교육원을 교회지도자교육원으로 명칭을 변경하다.
• 04. 16
  학교법인 대한예수교장로회 총회신학원 제11대 이사장에 김윤배 목사가 취임하다.

1995

• 12. 28
  사당동 캠퍼스에 다목적의 총신 종합관 (지하 1층, 지상 7층, 연건평 5,017평)신축 기공예배를 드리다
• 10. 31
  양지 캠퍼스에 제2 생활관 (지하 1층, 지상 3층, 연건평 569평) 신축기공예배를 드리다.
• 10. 23
  교육부로 부터 교육 대학원 설치 인가 (야간, 정원 80명)를 받다.
• 10. 18
  교육부로 부터 대학원에 17명, 신학대학원에 정원 173명을 증원 받다.
• 10. 04
  교육부로부터 종교음악과를 교회음악과로 학과명칭 변경을 받다.
• 03. 30
  김의환 박사가 총신대학교 제1대 총장(역대15대)에 취임하다.
• 03. 16
  학교법인 대한예수교장로회 총회신학원 제10대 이사장에 김동권 목사가 취임하다.
• 03. 01
  교명 총신 대학을 총신대학교로 변경하다.
  유준기 박사가 대학원 원장에 취임하다.
  홍덕창 박사가 부총장에 취임하다.

1994

• 10. 21
  교육부로부터 신학대학원에 정원 80명을 증원 받다.
• 09. 01
  김의원 박사가 신학대학원 원장에 취임하다.
• 07. 01
  김수학 목사가 학장직무대행에 취임하다.
• 04. 31
  양지캠퍼스에 도서관을 준공하다.
• 04. 20
  사당동캠퍼스에 본관증축 및 여자생활관을 준공하다.

1993

• 09. 04
  교육부로부터 신학대학원에 정원 20명, 대학원에 22명을 증원 받다.

1992

• 07. 28
  교육부로부터 신학대학원에 정원 10명을 증원 받다.
• 07. 24
  학교법인 대한예수교장로회 총회신학원 제9대 이사장에 김인득 장로가 취임하다.
• 05. 14
  차영배 교수가 신학대학원 원장(학장직무대행 5.18)에 취임하다.
• 04. 16
  차영배 교수가 제 14대 학장에 취임하다.
• 02. 14
  유성덕 박사가 대학원 원장에 취임하다.

1991

• 11. 11
  정성구 교수가 신학대학원 원장에 취임하다.
  홍치모 교수가 부학장(학장직무대행)에 취임하다.
• 07. 15
  양지도서관 1차 골조공사를 완공하다.
• 03. 01
  박아론 박사가 신학대학원 원장에 취임하다.

1990

• 11. 09
  문교부로부터 신학대학원에 정원 20명을 증원 받다.
• 06. 04
  학교법인 대한예수교장로회 총회신학원 제8대 이사장에 배태준 장로가 취임하다.
• 06. 01
  박영희 교수가 제13대 학장에 취임하다.
• 03. 01
  박아론 박사가 대학원장에 취임하다.